Pada 16 Juli 2004, ketua umum Dewan Koperasi Indonesia (Dekopin) periode 2004-2009 ini ditahan sebagai tersangka kasus penyelundupan gula impor ilegal 73 ribu ton. Nurdin kemudian juga ditahan atas dugaan korupsi dalam distribusi
minyak goreng Koperasi Distribusi Indonesia (KDI).
Hampir setahun kemudian (16/6/05), dia dinyatakan tidak bersalah atas tuduhan tersebut oleh Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Jaksa tidak terima dan mengajukan kasasi ke MA. Baru pada 13 Agustus 2007, MA menyatakan Nurdin bersalah dan divonis 2 tahun penjara.
Nurdin kemudian dituntut 10 tahun penjara dalam kasus gula impor ilegal 56 ton dengan kerugian negara Rp 3,4 miliar pada September 2005. Namun dakwaan ditolak majelis hakim Pengadilan Jakarta Utara pada 15 Desember 2005 karena BAP perkaranya dinilai cacat hukum.
Selain kasus tersebut, Nurdin juga terlibat kasus pelanggaran kepabeanan impor beras dari Vietnam dan divonis penjara 2 tahun 6 bulan oleh Pengadilan Negeri Jakarta Utara pada 9 Agustus 2005. Dia pun mendekam di Rutan Salemba.
Tanggal 17 Agustus 2006 ia dibebaskan setelah mendapatkan remisi dari pemerintah bertepatan dengan Hari Kemerdekaan Indonesia [sumber www.detik.com]
Dalam dunia sepakbola, ini daftar 10 dosa Nurdin Halid :
1. Menggunakan politik uang saat bersaing menjadi Ketua Umum PSSI pada November 2003 dengan Soemaryoto dan Jacob Nuwawea.
2. Mengubah format kompetisi dari satu wilayah menjadi dua wilayah dengan memberikan promosi gratis kepada 10 tim yakni Persegi Gianyar, Persiba Balikpapan, Persmin Minahasa, Persekabpas Pasuruan, Persema Malang, Persijap Jepara, Petrokimia Putra Gresik, PSPS Pekanbaru, Pelita Jaya, dan Deltras Sidoarjo.
3. Terindikasi jual beli trofi sejak musim 2003 lantaran juara yang tampil punya kepentingan politik karena ketua atau manajer klub yang bersangkutan akan bertarung di Pilkada. Persik Kediri (2003), Persebaya Surabaya (2004), Persipura Jayapura (2006), Persik Kediri (2006), Sriwijaya FC Palembang (2007), Persipura Jayapura (2008/2009).
4. Jebloknya prestasi timnas. Tiga kali gagal ke semifinal SEA Games yakni tahun 2003, 2007, dan 2009. Tahun 2005 lolos ke semifinal, tapi PSSI ketika itu dipimpin Pjs Agusman Effendi (karena Nurdindi penjara). Terakhir 2010 mengajak timnas pelesiran politik sehingga tak bisa konsentrasi dalam final piala AFF 2010.
5. Membohongi FIFA dengan menggelar Munaslub di Makassar pada tahun 2008 untuk memperpanjang masa jabatannya.
6. Tak jelasnya laporan keuangan terutama dana Goal Project dari FIFA yang diberikan setiap tahunnya.
7. Banyak terjadi suap dan makelar pertandingan. Bahkan, banyak yang melibatkan petinggi PSSI lainnya seperti Kaharudinsyah dan Togar Manahan Nero.
8. Tak punya kekuatan untuk melobi pihak kepolisian sehingga sejumlah pertandingan sering tidak mendapatkan izin atau digelar tanpa penonton.
9. Satu-satunya Ketua Umum PSSI dalam sejarah yang memimpin organisasi dari balik jeruji besi.
10. Terlalu banyak intervensi terhadap keputusan-keputusan Komdis sebagai alat lobi untuk kepentingan pribadi dan menjaga posisinya sebagai Ketua Umum.
